Matheus Nunes nasceu no Rio de Janeiro e veio para Portugal com apenas treze anos. O futebol foi um veículo importante para a sua integração e treinou um ano no Ericeirense sem autorização para competir, por falta de documentação necessária. Apesar da situação, Matheus treinava como se o objectivo fosse integrar o onze em cada jogo. Trabalhador e resiliente, pôde competir na época seguinte e ultrapassou várias dificuldades até se afirmar na Ericeira, com um título distrital sénior, ainda em idade júnior.

Seguiu para o GD Estoril Praia e não escapou aos olhos do Sporting CP, que garantiu a sua contratação em janeiro de 2019. Médio centro, estreou-se na equipa principal como titular em junho de 2020 e já conquistou uma Taça da Liga, um Campeonato Nacional e uma Supertaça.