Natural de Loulé, Manuel Mendonça jogou entre 2010 e 2017 na AD Geração Génios e no Louletano DC. Chegou ao Sporting CP para jogar nos sub-14 e tem subido patamares com firmeza e um espírito de liderança que lhe atribuíu a responsabilidade de capitanear as equipas de sub-17 e sub-19.

Campeão nacional de sub-17, em 2022 e internacional português nos escalões sub-17 e sub-18, Mendonça jogou na temporada passada pelos sub-19 Leoninos, tendo também feito a estreia nos sub-23.

Integra a equipa B desde a temporada passada, na qual teve a oportunidade de se estrear na Liga 3.