Fotis Ioannidis nasceu em Atenas, mas muito cedo a sua família se mudou para Cálcis. Filho de um ex-futebolista e de uma ex-basquetebolista, o desporto era praticamente uma inevitabilidade. Após os primeiros passos no Olympiacos Chalkida, mudou-se aos 10 anos para o Olympiacos FC, onde permaneceu quatro temporadas. O regresso a casa potenciou o próximo passo, ao assinar com o Levadiakos FC, em 2016, onde acabou por se estrear na equipa principal. Assinou com o Panathinaikos FC em 2000, já com um percurso sólido nas selecções de formação da Grécia. No Panathinaikos foi peça fundamental, marcou 51 golos em 190 jogos e estreou-se na selecção principal grega.

Assinou pelo Sporting CP em 2025 um contrato válido por cinco temporadas e disse ter encontrado em Alvalade um clube com grande com uma enorme cultura, onde espera ser bem sucedido.