Rui Borges iniciou a carreira de treinador em 2017, no SC Mirandela, o clube da sua terra no qual havia encerrado a carreira de jogador na temporada anterior. Após uma temporada e meia no Campeonato de Portugal, estreou-se na Liga 2 em 2019, ao serviço do Académico de Viseu. Seguiu-se a Académica de Coimbra, onde em 2021 ficou a escassos 3 pontos de poder lutar pelo regresso dos "estudantes" ao primeiro escalão do futebol português. Seguiram-se CD Nacional, Vilafranquense FC e CD Mafra, antes da estreia na Liga Portugal, ao serviço do Moreirense, classificando os "cónegos" em 6.º lugar.

2024 trouxe o Vitória SC, onde fez um início de temporada auspiciosa, com uma prestação impressionante na Conference League da UEFA. O dia 26 de dezembro trouxe como presente de Natal o convite do Sporting CP para orientar a equipa principal e o novo homem do leme em Alvalade garantiu ser um sonho representar o campeão nacional, demonstrando ambição de renovar o título.