João Virgínia é natural de Faro e como a maior parte dos miúdos que jogam futebol, começou por querer marcar golos. Quando se inscreveu no FC Ferreiras já o fez com a intenção de os evitar, determinado em ser guarda-redes. Ainda assim, não deixava de "dar uma perninha" como avançado sempre que podia, embora fosse entre os postes que se destacava. Assinou pelo SL Benfica com onze anos, deixou o conforto de viver com os pais e fê-lo com determinação. Internacional português em todos os escalões de formação, esteve em fases finais de Europeus de sub-17, sub-19, sub-21 e num Mundial de sub-20, conquistando dois títulos europeus com as quinas ao peito, em 2016 (sub-17) e 2018 (sub-19).

Passou pelo Arsenal e pelo Everton, com alguns empréstimos pelo caminho. Um desses empréstimos abriu-lhe a porta do Sporting CP, em 2021 e em 2025 regressou aos Leões, desta vez em definitivo.