Ex-jogador de andebol, Manuel Pereira começou o percurso como treinador nos infantis e minis do IFC Torrense, em 2010. Esteve depois 7 temporadas em equipas técnicas dos escalões de formação do SL Benfica, passou pela equipa sénior do CCR Alto do Moinho e ainda pelo Boa Hora FC, onde integrou as equipa técnica dos seniores, equipa B e sub-20.

Chegou ao Sporting CP em 2021 e tem liderado as equipas técnicas da equipa B e sub-20 Leoninas.