Nascido em Luanda, João Fernandes tem dupla nacionalidade, angolana e portuguesa. Formado no SL Benfica, estreou-se como sénior no Illiabum. Chegou ao Porto, para jogar no Dragon Force e seguiu para Barcelos antes de rumar a Ovar, para defender as cores da AD Ovarense, onde chegou às meias-finais do playoff na Liga portuguesa.

Poste com grande porte atlético, como se pede aos jogadores de zonas interiores, chegou ao Sporting em 2019 e tem trilhado um percurso de grande crescimento e preponderância na equipa Leonina. Ajudou na conquista de sete títulos em quatro temporadas e continua motivado para alcançar mais vitórias de Leão ao peito.