Natural de São João da Boavista, em São Paulo (Brasil), Matheus Reis fez toda a formação no São Paulo FC. No tricolor despontou e estreou-se em 2015 na equipa profissional, após um ano de empréstimo no Atlético Sorocaba, onde havia disputado o Campeonato Paulista. Após três dezenas de jogos pelo "tricolor", seguiu por empréstimo para o Bahia, onde venceu a Copa do Nordeste.

Chegou a Portugal em 2018 para jogar por empréstimo no Moreirense e passados alguns meses ficou em definitivo no Rio Ave. Chegou ao Sporting CP em janeiro de 2021, bem a tempo de contribuir para a conquista do Campeonato Nacional. Já em 2021/22, acrescentou uma Supertaça e uma Taça da Liga ao seu palmarés e na terceira temporada de verde e branco vestido sagrou-se bicampeão nacional.